В образцах пациентов нашли более 30 новых видов бактерий
Неизвестные микробы – вполне обычное явление в больницах. Исследователи из Базельского университета потратили много лет на их сбор и анализ. Они идентифицировали множество новых видов бактерий, некоторые из которых имеют важное значение для клинической практики. Новое исследование было опубликовано в журнале BMC Microbiology.
Бактериальные инфекции можно лечить более эффективно, если известна причина заболевания. В большинстве случаев для выявления возбудителя достаточно анализа в медицинской лаборатории. Однако иногда стандартных методов оказывается недостаточно — например, если вид бактерий еще не классифицирован или его особенно трудно выращивать.
Команда из Университета Базеля и Университетской больницы Базеля с 2014 года собирает и анализирует образцы пациентов, содержащие такие неизвестные микробы. Исследователи обнаружили более 30 новых видов бактерий, некоторые из которых связаны с клинически значимыми инфекциями.
В целом команда под руководством микробиолога доктора Дэниела Гольденбергера проанализировала 61 неизвестный бактериальный патоген, обнаруженный в образцах крови или тканей пациентов с широким спектром заболеваний.
Обычные лабораторные методы, такие как масс-спектроскопия или секвенирование небольшой части бактериального генома, не дали результатов для всех этих изолятов. Вот почему исследователи секвенировали полный генетический материал бактерий, используя метод, который был доступен всего несколько лет. Затем они сравнили идентифицированные последовательности генома с известными штаммами в онлайн-инструменте.
Из 61 проанализированной бактерии 35 ранее были неизвестны. Остальные 26 штаммов исследователи отнесли к трудноидентифицируемым: либо их геномные последовательности были добавлены в базы данных совсем недавно, либо правильное таксономическое описание возбудителей было создано совсем недавно.
Оценка данных пациентов показала, что семь из 35 новых штаммов были клинически значимыми, а это означает, что они могут вызывать бактериальные инфекции у людей. «Такие прямые связи между недавно выявленными видами бактерий и их клинической значимостью редко публиковались в прошлом», — отметил Гольденбергер.
Большинство вновь идентифицированных видов принадлежат к родам Corynebacterium и Schaalia, оба являются грамположительными бациллами. «Многие виды этих двух родов встречаются в естественном микробиоме кожи и слизистой оболочки человека. Вот почему их часто недооценивают, а исследования их проводятся редко», — объяснил доктор Гольденбергер. Однако они могут вызывать инфекции при попадании в кровоток — например, из-за опухоли.
Один из трудно идентифицируемых патогенов также может иметь клиническое значение. Его обнаружили в воспаленном большом пальце пациента после укуса собаки. Канадская исследовательская группа также недавно выделила эту бактерию из ран, вызванных укусами собак или кошек.
«Это заставило нас предположить, что это новый патоген, за которым нам необходимо следить», — сказал доктор Гольденбергер. В 2022 году канадские исследователи дали бактерии соответствующее название Vandammella Animalimorsus (укус животного Vandammella).
Дать название новому виду — следующий пункт в списке дел команды Базеля. Они тесно сотрудничают с профессором Питером Вандаммом из Гентского университета, специалистом по классификации бактерий. Две бактерии уже названы. Одна из них — Pseudoclavibacter triregionum — имеется в виду расположение Базеля недалеко от границ Швейцарии, Франции и Германии.
Однако проект, начатый командой Дэниела Гольденбергера, еще далек от завершения. Исследователи продолжают систематически собирать и секвенировать неизвестные патогены, обнаруженные в образцах пациентов университетской больницы Базеля — уже обнаружено еще более двадцати новых видов.
«Мы заметили здесь важную динамику: благодаря технологическим достижениям в бактериологии публикуется гораздо больше о недавно открытых видах бактерий», — объяснил доктор Гольденбергер. «Эта разработка облегчит в будущем правильную диагностику инфекций, вызванных редкими возбудителями, и эффективное их лечение с самого начала».
Обсудим?
Смотрите также:
